Neznámé monstrum ohrožuje mezinárodní lodní dopravu, a tak se oceánograf Pierre Aronnax se společníky připojí k expedici, jež má škůdce vypátrat a zničit. Ten se ale brání a skupinku zajme. Ocitnou se na palubě futuristické ponorky Nautilus, které velí tajemný, charismatický kapitán Nemo. Zuřivě nenávidí civilizaci a léta žije v mořských hlubinách ukrytý ve svém kovovém kokonu, toulá se oceány, zkoumá vraky a útočí na lodě.
Nautilus se nyní vydá na dalekou objevitelskou cestu. Pluje nad podmořskými lesy, korálovými hřbitovy, hlubokými mořskými příkopy i nad ruinami Atlantidy. Majestátní mořští tvorové, tajné podmořské chodby, neuvěřitelné poklady hlubin, boj s obří chobotnicí, pohřeb na mořském dnu – každý den přináší ještě překvapivější zázraky než ten předchozí a vše je prostoupeno tísnivým nebezpečím i objevitelskou radostí.
Nemo však střídá lítostivou melancholii se zuřivými výbuchy vzteku a rukojmím už je jasné, že živé je nepropustí. Kdo vlastně je kapitán Nemo? Odkud pramení jeho touha po pomstě? Uniknou mu naši tři přátelé?