Pierovo tajemství reprezentuje pokus přenést koncept mikrohistorie do světa umělců a humanistů italského 15. století. Ginzburg zde zkoumá společenské a kulturní vlivy, jež působily na malířské ztvárnění klasických biblických textů, Kristova křtu a Bičování Krista. Autorem všestranně analyzovaných desek byl italský renesanční malíř Piero della Francesca. Na základě rozboru korespondence vzdělanců a humanistů, mezi nimiž nechyběli ani vlivní kardinálové usilující o unii s řeckou církví, Ginzburg ukazuje, jak se představy zadavatelů promítaly do umělecké řeči renesančního malíře, jak se vzájemně ovlivňovaly a jak působily na to, že v Pierrově tvorbě představují tyto dvě deskové malby, doplněné cyklem fresek z katedrály Arezzu, zcela výjimečná díla. Prostřednictvím psaných textů se Ginzburg snaží proniknout do nitra obrazů a nápaditě přitom ukazuje cesty, jež mohou vést ke zcela novému čtení a chápání uměleckých děl, stejně jako k rozkrytí jejich druhého života, srozumitelného jen pro malou část vzdělaných dobových pozorovatelů.